Les premiers européens à débarquer dans la région furent le Père Jacques Marquette et Louis Joliet, qui ont voyagé le long du Mississippi à partir du Nord en 1673. En 1683 le territoire fut réclamé au nom de la France, puis par les Espagnols et brièvement encore par les Français avant que Napoléon ne le vende aux Etats-Unis (comme une partie de l’achat de la Louisiane, pour une somme princière de trois centimes l’âcre).
Les premiers européens à s’installer au Missouri furent les Français qui traversèrent le Mississippi et établirent une colonie à St Geneviève. St Louis fut créée en 1764, et de part sa position stratégique, c’était un avant-poste idéal pour les Français et les natifs Américains qui étaient dans le lucratif commerce de fourrure. Reposant entre les confluents du Mississippi et du Missouri, St Louis possède un accès fluvial à la fois vers les Grands Lacs et le Golfe du Mexique à la Nouvelle Orléans. Le centre se développa rapidement, devenant la porte vers l’Ouest où les explorateurs et les pionniers lancèrent leurs voyages vers le Grand Ouest.
C’était à de St Louis que les explorateurs Lewis et Clark commencèrent leur expédition de 1804 vers les territoires du Nord-Ouest jusqu’à la côte du Pacifique. Dans les années qui suivirent, la ville de l’Indépendance devint le point de départ à la fois des lignes ferroviaires de Santa Fe et d’Oregon et elle abritait une population cosmopolitaine agitée de commerçants (bien que temporaire). Les Mexicains, Allemands, Européen de l’Est, Scandinaves et autres colonisateurs y faisaient une halte sur leur chemin vers le Nord-Ouest du Pacifique.
La ville s’agrandit régulièrement pendant tout le début du 19ème siècle, mais la demande de terres causa plusieurs années de conflit entre les colons et les Indiens. Nombre des nouveaux colonisateurs venaient des états du Sud emmenant par la même leurs esclaves avec eux. Le Missouri rejoignit l’Union le 10 août 1821 (24ème admission), et bien que l’état fut profondément divisé quant à l’esclavagisme, il devint un état d’esclavage. Le Missouri rallia la cause des Unionistes pendant la Guerre de Sécession, ce qui divisa à la fois le gouvernement et la population. Des troupes furent envoyées pour combattre avec l’Union et d’autres pour combattre au côté de la Confédération, ce qui résulta en un conflit destructeur et amer. Cela laissa les Missouriens avec un sens persistant de méfiance et de scepticisme, qualités qui ont donné à l’état du Missouri le surnom de 'montre-moi'. Plusieurs batailles y furent disputées, la plus décisive étant la Bataille de Wilson's Creek qui coûta la vie au Brigadier Général Nathaniel Lyon, premier général de l’Union à mourir pendant la guerre.
Les années d’après guerre ne furent pas sans problème, car beaucoup d’anciennes guérillas de la Confédération se changèrent en criminalité. Cela inclus le fameux hors-la-loi Jesse James qui dévalisa plusieurs banques et trains avant d’être abattu par un associé (pour la prime de 10 000,00 USD). L’état dû également trouver de nouveaux créneaux car les frontières avaient cessé d’exister et le commerce de la fourrure était en déclin. Le Missouri se rétablit progressivement, avec des progrès réalisés dans l’agriculture et le secteur de la manufacture. Le long succès minier de l’état (qui débuta en 1701 avec la découverte de minerai de plomb près de Potosi) continu de contribuer à l’économie de l’état.
Le 20éme siècle engendra la présidence d’un des plus célèbres fils du Missouri, Harry S. Truman, aussi connu comme 'l’homme de l’indépendance'. Il était le juge d’un des comtés de Jackson et devint par la suite un représentant pour le Kansas Automobile Club. Il devint sénateur américain, puis vice-président et finalement 33ème président des USA. Son mandat dura de 1945 à 1953, une des périodes les plus difficiles de l’histoire des USA.
Vers la fin du 20éme siècle, le Missouri a évolué en un état moderne des Etats-Unis, ayant débattu des problèmes des droits civiques et de l’émancipation des femmes. De grands pas ont été réalisés concernant la technologie et les infrastructures. En 1993 Missouri était à la une des journaux quand le Mississippi le Missouri débordèrent, dévastant les basses terres de l’état. Les habitants et les secouristes bataillèrent (avec succès) pour éviter la destruction de plusieurs des repères historiques du Missouri (dont les villes de Hannibal et St Genevieve).
St Louis et Kansas City sont les centres industriels principaux du Missouri tandis que Springfield et St Joseph sont des centres industriels et commerciaux importants. St Louis abrite la maison Anheuser Busch (Inc.), la plus grande brasserie au monde. Le grand siège social d’Hallmark Inc. est situé à Kansas City. General Motors, Ford et Chrysler ont des usines de montage à St Louis et Kansas City.
Les ressources minières du Missouri contribuent en grande partie à l’économie de l’état et ce dernier possède un des gisements de plomb les plus productifs au monde. Le fer, le grès, le calcaire, le marbre, l’argile réfractaire, le nickel, le cuivre et le charbon sont aussi exploités.
Kansas City est un des grands centres d’affaire agronomique aux Etats-Unis et l’élevage du bétail compte pour une grande partie de ses revenus. Les cultures comprennent la graine de soja, le maïs, l’avoine, le blé, le foin, le coton, la pomme, la pêche et la fraise. Même l’industrie viticole, abîmée pendant la Prohibition, connaît une nette reprise.
Le Missouri devient de plus en plus populaire comme destination de vacance et de convenance. Les deux villes majeures sont célèbres à la fois pour le tourisme et les voyages d’affaires tandis que Branson dans les Montagnes d’Ozark est la deuxième destination intérieure la plus visitée d’Amérique (après Orlando, Floride).
La population devient progressivement urbaine car le nombre de personne augmente et les offres d'emploi rurales diminuent.
La majorité des Missouriens sont nés aux Etats Unis. Ceux qui sont descendants des colons européens sont principalement d’origine Tchèque, Anglaise, Française, Allemande, Polonaise ou Irlandaise. Les Afro-américains forment une des plus grandes communautés parmi les minorités de l’état. Il n’a plus de tribu d’Indien officielle au Missouri.
Le gouverneur est élu pour un mandat de quatre ans. Son mandat ne peut être prolongé qu’une fois. Mel Carnahan est le 51ème gouverneur du Missouri, et est actuellement dans son deuxième mandat de quatre ans après avoir été réélu en 1996. Les autres Directeurs haut placés incluent le lieutenant gouverneur, le secrétaire d’état, le trésorier d’état, le contrôleur d’état et le procureur général qui servent tous un mandat de quatre ans.
L’assemblée législative est constituée d’un sénat de 34 membres et d’une chambre des représentants de 163 membres. Chaque district sénatorial élit un sénateur et chaque district représentant élit un représentant. Les sénateurs servent un mandat de quatre ans et les représentants ont un mandat de deux ans.
Le Missouri possède 114 comtés, chacun ayant un comité directeur qui s’occupe des affaires du comté en accord avec la loi de l’état.
La plus haute cour de justice au Missouri est la Cour Suprême.
