L'ère Heian (de 794 après JC à 1185 après JC) fut une période de grands changements. L'Empereur Kammu, irrité de la façon dont les bouddhistes manipulaient le pouvoir, décida de transférer sa capitale de Nara à Heian (la ville actuelle de Kyoto). Il s'ensuivit un grand développement de l'art, de la culture et de la religion du Japon. Même l'animosité entre les shintoïstes et les bouddhistes fut résolue d'un commun accord puisque les deux religions vénéraient en fait les mêmes dieux, seules leurs apparences différaient. Dès les années 800, les Ainus furent repoussés encore plus au nord, et les frontières japonaises s'étendirent jusqu'au nord de l'île Honshu. Après ces événements, les empereurs qui succédèrent se retirèrent complètement de la vie politique, remettant les rênes du pouvoir à l'armée. Durant cette période, une nouvelle classe sociale apparut: les samouraïs. D'origine modeste, ils peuvent être comparés aux chevaliers de l'Angleterre du moyen-âge: des soldats professionnels qui appliquaient à la lettre les ordres de leurs supérieurs. En 1185, après que la famille Minamoto eût évincé le clan Taira (qui avait détrôné la famille Fujiwara corrompue), Yoritomo Minamoto se nomma commandant en chef et premier shogun. A sa mort en 1199, la famille de sa femme, les Hojo, prit le contrôle du système féodal. Le zen, en provenance de la Chine, fut introduit au Japon, avec l'accord de la classe des samouraïs.
En 1274 et en 1281 Kublaï Khan tenta par deux fois d'envahir le Japon après que celui-ci refusa de se soumettre à son autorité. A deux reprises, un typhon déjoua le plan de ses armées. Depuis ce temps, on surnomme le typhon kamikaze ou 'vent divin'. Les premiers européens au Japon furent des naufragés portugais qui échouèrent en 1543. Les Japonais furent impressionnés par les armes à feu et la poudre à canon, ils s'empressèrent d'établir des relations commerciales avec le Portugal d'abord, et, bientôt, avec d'autres pays occidentaux. Des missionnaires arrivèrent également, tel Saint François Xavier, pour tenter de persuader les Japonais que leur religion était dans le faux. Le shogun, qui d'abord tolérait les missionnaires et leurs nouveaux convertis, devint soupçonneux. Croyant que les missionnaires étaient en fait une unité d'invasion militaire, il décida de crucifier 26 prêtres et convertis japonais. La persécution des chrétiens continua jusqu'en 1637, date à laquelle les chrétiens tentèrent sans succès de se révolter. Après cela, les chrétiens se cachèrent et le christianisme devint clandestin jusqu'à la fin du 19ème siècle.
En 1600 après JC, Ieyasu Tokagawa devint shogun et introduisit un gouvernement dictatorial allant jusqu'à fermer les frontières. Une fois encore, la culture japonaise s'épanouit séparément du reste du monde. Comme dans toutes les dictatures, la corruption s'installa et les bateaux étrangers apparurent à nouveau sur les côtes japonaises. Effrayé par la technologie militaire étrangère, le Japon consentit rapidement, par peur plus que par choix, à rétablir les relations commerciales et à ouvrir ses frontières. Cela produisit un malaise parmi le peuple, qui perdit confiance en ses dirigeants. Le Shogun, honteux et ayant perdu la face, dut remettre le pouvoir à l'empereur Meiji en 1867. Il s'ensuivit un chaos de troubles sociaux et le pays en souffrit terriblement. La guerre civile faisait rage: on confisquait les terres... Mais les samouraïs se révoltèrent contre le gouvernement et protestèrent contre l'autorité décadente. Il furent vaincus, ainsi, leur statut et leur autorité furent révoquées. Ensuite, le Japon s'affaira à la reconstruction de ses autorités militaires et politiques, et établit une politique étrangère agressive. Le pays ne fit qu'une bouchée des forces militaires chinoises au cours de la guerre sino-japonaise de 1894 à 1895, et Taïwan fut donnée au Japon comme compensation de guerre au cours des négociations de l'accord de paix. Le Japon réussit à occuper la Mandchourie dès 1900, et commença à vouloir jeter son dévolu sur la Corée, qui intéressait également la Russie. Après de nombreuses querelles et discussions, le Japon attaqua Port Arthur (à Dalian), commençant ainsi la guerre contre la Russie, qui la perdit en 18 mois.
Au début de la Deuxième Guerre mondiale, le Japon resta neutre afin de ne pas entraîner des confrontations avec l'Allemagne, et se concentra sur ses intérêts économiques qui étaient prometteurs dans les années 30. En 1937, le Japon envahit la Chine après un incident entre des troupes chinoises et japonaises sur le Pont Marco Polo, près de Pékin. En l'espace d'un an, le Japon annexa une bonne partie de la Chine. En 1941, les japonais attaquèrent la flotte américaine à Pearl Harbor. Le Japon considérait les Etats-Unis comme un risque pour sa main-mise sur l'économie asiatique, et cherchait à renforcer sa présence dans l'océan pacifique. Bien que la confrontation militaire débuta en faveur du Japon, la bataille de Midway lui causa d'importantes pertes. En 1945, le Japon se battait désespérément pour la possession de ses dernières îles, ayant été repoussé par les forces alliées. Le 6 août 1945, les Etats-Unis lâchèrent leur première bombe atomique sur Hiroshima, et une autre sur Nagasaki le 9 août. Cela aboutit à la reddition immédiate du Japon. Certains historiens affirment que l'empereur Hirohito avait déjà demandé que les termes de sa reddition soient mis par écrit avant que les bombes ne soient lâchées, mais que le Président Truman n'en tint pas compte, préférant prouver la suprématie de son armée aux yeux du monde.
Les forces alliées contrôlèrent le Japon après la guerre, et l'Empereur Hirohito fut forcé de renier tout pouvoir divin, et il ne garda que des fonctions honorifiques. Après une inflation galopante, l'économie japonaise se stabilisa dans les années 1950, puis s'épanouit et le Japon devint un super pouvoir économique. En 1994, l'inflation du pays n'était que de 0,7 %, et le chômage ne représentait que de 2,9 % de la population active. Pendant ces cinq dernières années, le yen s'est raffermi par rapport au dollar américain. Le Japon est le numéro un des pays développés dans les domaines de production d'électricité, de l'industrie, de l'ingénierie, et du matériel informatique. Il semblerait que le Japon se prépare à être le leader de l'économie mondiale au début du siècle prochain.
L'empereur (Akihito) n'est qu'une figure de proue, bien qu'il soit hautement respecté, et qu'il ait encore une certaine influence politique.
Le Japon est formé de neuf régions politiques qui sont: Chubu, Chugoku, Hokkaïdo, Kanto, Kinki, Kyushu, Okinawa, Shikoku, et Tohoku, qui sont à leur tour subdivisées en 47 départements. Chaque département a d'assez importantes responsabilités et pouvoirs, y compris l'éducation et l'administration.
Pour saluer un japonais, penchez légèrement le buste et, pour un résultat encore plus convaincant, inclinez la tête. La poignée de main devient de plus en plus couramment utilisée, bien que ce ne soit pas aussi respectueux. Certains Japonais voudront échanger des cartes de visite avec vous, il s'agit d'une forme de continuation des salutations rituelles. Si vous n'avez pas de carte de visite à donner, votre crédibilité et votre statut en souffriront. Lorsqu'une personne vous donne sa carte de visite, observez-la poliment en faisant de petits signes enthousiastes de la tête. Ne les abîmez en aucun cas.
Vous devez retirer vos chaussures en entrant dans une maison ou une auberge japonaise. Les pieds sont considérés impurs, alors ne les dirigez pas vers les gens en vous asseyant. Evitez de montrer du doigt, mais indiquez d'un geste de la main avec la paume tournée vers le haut.
L'hygiène personnelle peut vous surprendre. Les japonais se baignent chaque soir, et ils s'attendront à ce que vous fassiez de même. Tout le monde se baigne dans la même eau, en général très chaude, le but étant de relaxer; il est donc primordial de ne pas souiller l'eau avec du savon ou des impuretés: lavez-vous et rincez-vous soigneusement avant d'entrer dans le bain. Les toilettes sont soi-disant séparées pour les hommes et les femmes, cependant cette règle est rarement appliquée, attendez-vous à y rencontrer des personnes du sexe opposé. Il est impoli d'éternuer et de se moucher en public. Soyez poli, reniflez!
